國89年 2000 五月，現任校長陳維昭教授第2次續任案，業依組織規程規定，經88學年度第2學期臨時校務會議通過。 六月，88學年度第2學期第2次校務會議通過：(1)工學院資訊工程學系改隸電機資訊學院、(2)社會科學院三民主義研究所更名為「國家發展研究所」。 十月，89學年度第1學期第1次校務會議通過：(1)醫學院於91學年度調整成立「藥物研究中心」、(2)「專任教師任職或兼職營利事業機構或團體準則」、(3)「校園紛爭調解處理委員會設置辦法」、(4)「實驗動物管理與使用委員會設置辦法」、(5)農學院申請設立「生物多樣性研究中心」。 民國90年 2001 一月，89學年度第1學期第2次校務會議通過本校與中央研究院「學術合作協定」。 三月，89學年度第2學期第1次校務會議通過：(1)增設「科際整合法律學研究所」、(2)「教師著作抄襲處理要點」。 六月，89學年度第2學期第2次校務會議通過設立日文研究所。 十一月，首次於校慶典禮頒發「名譽博士」。 民國91年 2002 一月，90學年度第1學期第2次校務會議通過本校與中央研究院合作辦理國際研究生學程協定。 八月，農學院更名為生物資源暨農學院。 民國92年 2003 三月，91學年度第2學期第1次校務會議通過本校「特聘研究講座設置辦法」。 八月，成立生命科學院。 民國93年 2004 四月，署立雲林醫院改制為本校醫學院附設醫院雲林分院。 五月，92學年度第2學期第2次校務會議修正通過本校「組織規模及發展規劃準則」及「教職員額調整準則」。 八月，臺北護理學院附設醫院整併為本校醫學院附設醫院北護分院。九月，資工系二館德田館啟用。 民國94年 2005 一月，實驗林林地登記工作自民國78年開始辦理，終於在最後一件林農所有權確認上訴案判決後，全部完成。總計登記4,061筆，面積32,747.31公頃。 三月，校門口廣場改善工程，恢復1970年代校門口空間形式，並命名「大學廣場」。 六月，《國立臺灣大學校史稿：1928～2004》出版發行。22日，校史館揭牌啟用；李嗣涔繼任第十任校長。 十月，成立「國立臺灣大學人文社會高等研究院」，為落實關懷社會而設立「臺大公共論壇」。 十二月，秘書室訪客中心正式運作。 民國95年 2006 一月，獲教育部「邁向頂尖大學計畫」第一年補助，成立「藝文活動推展工作室」。 五月，成立教務處「教學...